L'Ordine  è un "Ente di diritto pubblico non economico" i cui provvedimenti hanno carattere di "atti amministrativi" sottratti al controllo esterno di legittimità. È dotato di autonomia organizzativa e di regolamentazione, ed è retto da un Consiglio direttivo composto da un numero di membri calcolato in rapporto al numero degli iscritti.

Il Consiglio nomina il Presidente che assume il ruolo di legale rappresentante dell'Ordine in tutti gli atti esterni, rilascia certificazioni ed attestati su richiesta degli iscritti, di privati cittadini o di Enti Pubblici. Il Vice Presidente dell'Ordine fa le veci del Presidente in caso di assenza.

Il Segretario è investito di funzioni notarili all'interno dell'Ordine: redige e sottoscrive verbali e delibere, ne autentica le copie per uso privato e ufficiale, custodisce l'archivio, sovrintende all'attività degli uffici secondo le direttive del Presidente e cura l'affissione, la pubblicazione e il recapito agli interessati delle delibere del Consiglio.

Il Consiglio direttivo è affiancato dal Collegio dei Revisori dei conti, di origine elettiva. Gli organi vengono eletti dall'Assemblea degli iscritti e rimangono in carica per tre anni.

L'Ordine ha il compito di:

• compilare e tenere aggiornato l'albo professionale al quale devono essere iscritti i farmacisti per poter esercitare la professione;
• esercitare il potere disciplinare nei confronti degli iscritti per garantire l'integrità morale e professionale dei singoli membri, nonché far rispettare il codice deontologico che é un insieme di norme che il farmacista iscritto all'Albo è tenuto a seguire nell'esercizio della professione, applicando quattro gradi di sanzioni che sono nell'ordine: avvertimento, censura, sospensione e radiazione dall'Albo;
• vigilare sulla propria indipendenza;
• designare i propri rappresentanti presso commissioni, enti ed organizzazioni di carattere provinciale o comunale;
• promuovere e favorire le iniziative finalizzate a facilitare il progresso culturale degli iscritti;
• interporsi, se richiesto, nelle controversie tra iscritti o tra iscritti ed Enti;
• dare il proprio concorso alle autorità locali nello studio e nell'attuazione dei provvedimenti che riguardano il servizio farmaceutico provinciale;
• esprimere pareri in merito a variazioni di orari e ferie di farmacie e trasferimenti di sedi farmaceutiche.